Лаборатория «Компьютерный синтез химических соединений»

Лаборатория основана при поддержке Мегагранта.

Мегагранты – программа международного сотрудничества российских вузов и научных организаций с учеными мирового уровня и ведущими зарубежными научно-образовательными центрами в сферах науки, образования и инноваций. Программа стартовала 9 апреля 2010 года с принятием Правительством Российской Федерации Постановления №220.

Основной задачей лаборатории является разработка вычислительной методологии, базирующейся на методах машинного обучения с целью исследования химического пространства для создания соединений с заданными свойствами, включая перспективные лекарственные препараты.

 

Проекты, гранты:

2021 - 2023: Грант Правительства Российской Федерации для государственной поддержки научных исследований, проводимых под руководством ведущих ученых в российских вузах и научных организациях (Мегагрант)

Научный сотрудник
Кандидат химических наук
Старший научный сотрудник
Доктор химических наук
Стажер-исследователь, Аспирант
Младший научный сотрудник, Аспирант
Научный сотрудник
Кандидат химических наук
Младший научный сотрудник, Аспирант
Главный научный сотрудник
Доктор химических наук
профессор
Младший научный сотрудник, Аспирант
Младший научный сотрудник
Заведующий лабораторией
Доктор физико-математических наук
Младший научный сотрудник, Аспирант
Научный сотрудник
Кандидат химических наук
Старший научный сотрудник, Senior Researcher
Кандидат химических наук
Старший научный сотрудник
Кандидат химических наук
Зам. директора по научной работе, Заведующий отделом
Доктор химических наук
профессор
Старший научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Младший научный сотрудник
Стажер-исследователь, Аспирант
Старший научный сотрудник
Кандидат химических наук
Заведующий лабораторией, Главный научный сотрудник
Доктор химических наук
профессор
Главный научный сотрудник
Доктор химических наук
Заведующий лабораторией
Доктор химических наук
доцент
Научный сотрудник
Кандидат химических наук
Научный сотрудник
Кандидат физико-математических наук
Старший научный сотрудник
Кандидат химических наук

[1]     Ksenofontov A.A., Isaev Y.I., Lukanov M.M., Makarov D.M., Eventova V.A., Khodov I.A., Berezin M.B. Accurate prediction of 11B NMR chemical shift of BODIPYs via machine learning // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2023. - V. 25. - P. 9472–9481. https://doi.org/10.1039/D3CP00253E.
[2]   Dogadaeva S.A., Antina L.A., Ksenofontov A.A., Kalyagin A.A., Khodov I.A., Berezin M.B., Antina E.V., Pavelyev R.S., Frantsuzova L.V., Lodochnikova O.A., Islamov D.R. Novel fluorescent mono-Br-BODIPYs as potential theranostic agents and their nanoscale zeolitic imidazolate framework delivery systems // Journal of Molecular Liquids. - 2023. - V. 382. - Art. 121892. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2023.121892.
[3]     Islyaikin M.K., Ivanov E.N., Koifman O.I., Konarev D.V. New expanded porphyrinoids: Synthesis, structure and properties of hemihexaphyrazines and their reduced metal containing derivatives // J. Porphyrins Phthalocyanines. - 2023. - V. 27. - P. 55–67. https://doi.org/10.1142/S1088424623300069.
[4]     Ivanov E.N., Almeida-Marrero V., Koifman O.I., Aleksandriiskii V.V., Torres T., Islyaikin M.K. Synthesis and Characterization of Bulky Substituted Hemihexaphyrazines Bearing 2,6-Diisopropylphenoxy Groups // Molecules. -  2023. - V. 28. - P. 5740. https://doi.org/10.3390/molecules28155740.
[5]     Kibireva Y.E., Islyaikin M.K., Rodríguez-Morgade M.S., Torres T.  Synthesis and Characterization of a Soluble Hemihexaphyrazine Derivative // MHC. - 2023. - V. 16. - P. 19–23. https://doi.org/10.6060/mhc234968i.
[6]     Makarov D.M., Fadeeva Y.A., Shmukler L.E. Predictive modeling of physicochemical properties and ionicity of ionic liquids for virtual screening of novel electrolytes // Journal of Molecular Liquids. - 2023. - V. 391. - Art. 123323. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2023.123323.
[7]   Mamardashvili G., Kaigorodova E., Lebedev I., Mamardashvili N.  Molecular Recognition of Imidazole-Based Drug Molecules by Cobalt(III)- and Zinc(II)-Coproporphyrins in Aqueous Media // Molecules. - 2023. - V. 28. - P. 964. https://doi.org/10.3390/molecules28030964.
[8]     Sobornova V.V., Maltceva O.V., Khodov I.A., Mamardashvili N.Z. 1H NMR study of kinetics of the Ni(II) and Zn(II) cations complex formation with 2-aza-5,10,15,20-tetraphenyl-21-carbaporphyrin // Inorganica Chimica Acta. - 2023. - V. 556. - Art.121638. https://doi.org/10.1016/j.ica.2023.121638.
[9]   Telegin F.Y., Karpova V.S., Makshanova A.O., Astrakhantsev R.G., Marfin Y.S. Solvatochromic Sensitivity of BODIPY Probes: A New Tool for Selecting Fluorophores and Polarity Mapping // International Journal of Molecular Sciences.- 2023. - V. 24. - P. 1217. https://doi.org/10.3390/ijms24021217.
[10]     Yarullin D.N., Zavalishin M.N., Gamov G.A., Lukanov M.M., Ksenofontov A.A., Bumagina N.A., Antina E.V. Prediction of Sensor Ability Based on Chemical Formula: Possible Approaches and Pitfalls // Inorganics. - 2023. - V. 11. - P. 158. https://doi.org/10.3390/inorganics11040158.
[11]     Zvezdina S.V., Chizhova N.V., Mamardashvili N.Z. Complexation of Halogen-Substituted Tetraphenylporphyrins and Cadmium(II) Tetraphenylporphyrins with MnCl2 in DMF // Russ J Org Chem. - 2023. - V. 59. - P. 597–605. https://doi.org/10.1134/S1070428023040061.
[12]   Antina  L.A., Bumagina N.A., Kalinkina V.A., Lukanov M.M., Ksenofontov A.A., Kazak A.V., Berezin M.B., Antina E.V.  Aggregation behavior and spectroscopic properties of red-emitting distyryl-BODIPY in aqueous solution, Langmuir-Schaefer films and Pluoronic® F127 micelles // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. - 2022. - V. 278. - Art.121366. https://doi.org/10.1016/j.saa.2022.121366.
[13]     Berezin M.B., Dogadaeva S.A., Antina E.V., Lukanov M.M., Ksenofontov A.A., Semeikin A.A. Design and physico-chemical properties of unsymmetrically substituted dipyrromethenes and their complexes with boron(III) and zinc(II) // Dyes and Pigments. - 2022. - V. 202. - Art. 110215. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2022.110215.
[14]     Bichan N.G., Ovchenkova E.N., Ksenofontov A.A., Mozgova V.A., Gruzdev M.S., Chervonova U.V., Shelaev I.V., T.N. Lomova, Meso-carbazole substituted porphyrin complexes: Synthesis and spectral properties according to experiment, DFT calculations and the prediction by machine learning methods // Dyes and Pigments. - 2022. - V. 204. - Art. 110470. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2022.110470.
[15]     Bichan N.G., Ovchenkova E.N., Mozgova V.A., Ksenofontov A.A., Kudryakova N.O., Shelaev I.V., Gostev F.E., Lomova T.N. Donor–Acceptor Complexes of (5,10,15,20-Tetra(4-methylphenyl)porphyrinato)cobalt(II) with Fullerenes C60: Self-Assembly, Spectral, Electrochemical and Photophysical Properties // Molecules. - 2022. - V. 27. - P. 8900. https://doi.org/10.3390/molecules27248900.
[16]     Bumagina N.A., Antina E.V., Krasovskaya Z.S., Berezin M.B., Ksenofontov A.A., Vyugin A.I., Semeikin A.S. Dipyrromethene chromo-fluorogenic chemosensors for quantitative detection and express analysis of Zn2+ ions //  Journal of Molecular Liquids. - 2022. - V. 345. - Art.117834. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.117834.
[17]    Dipan Ghosh, Uwe Koch, Kamyar Hadian, Michael Sattler, Igor V. Tetko, Highly Accurate Filters to Flag Frequent Hitters in AlphaScreen Assays by Suggesting their Mechanism // Molecular Informatics. - 2022. - V. 41 2100151. https://doi.org/10.1002/minf.202100151.
[18]    Galina Mamardashvili, Nugzar Mamardashvili, Oscar Koifman, Design, Sensing and Binding Abilities of Porphyrin-based Heterotopic Receptors with Well-defined Geometries // CTCB-V3. - 2022. - P. 1–56. https://doi.org/10.9734/bpi/ctcb/v3/2292A.
[19]     Ivanova Y.B., Pukhovskaya S.G., Kiselev A.N., Syrbu S.A. Physicochemical Basis for the Creation of Liquid-Phase Sensor Materials Based on Tetraaryldithiaporphyrins // Russ J Gen Chem. - 2022. - V. 92. - P. 231–240. https://doi.org/10.1134/S1070363222020128.
[20]     Kalyagin A., Antina L., Ksenofontov A., Antina E., Berezin M. Solvent-Dependent Fluorescence Properties of CH2-bis(BODIPY)s // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - V. 23. - P. 14402. https://doi.org/10.3390/ijms232214402.
[21]     Ksenofontov A.A., Bocharov P.S., Ksenofontova K.V., Antina E.V. Water-Soluble BODIPY-Based fluorescent probe for BSA and HSA detection // Journal of Molecular Liquids. - 2022. - V. 345. - Art. 117031. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.117031.
[22]     Ksenofontov A.A., Lukanov M.M., Bocharov P.S. Can machine learning methods accurately predict the molar absorption coefficient of different classes of dyes? // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. - 2022. - V. 279. - Art.121442. https://doi.org/10.1016/j.saa.2022.121442.
[23]     Ksenofontov A.A., Lukanov M.M., Bocharov P.S., Berezin M.B., Tetko I.V. Deep neural network model for highly accurate prediction of BODIPYs absorption // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. - 2022. - V. 267. - Art. 120577. https://doi.org/10.1016/j.saa.2021.120577.
[24]     Likhonina A.E., Lebedev I.S., Mamardashvili G.M., Mamardashvili N.Z. pH indicator and rotary fluorescent properties of the Sn(IV)-octaetylporphyrin-(BODIPY)2 triad // Inorganica Chimica Acta. - 2022. - V. 542. - Art. 121150. https://doi.org/10.1016/j.ica.2022.121150.
[25]     Likhonina A.E., Mamardashvili G.M., Mamardashvili N.Z. Photoactive porphyrin-fluorescein arrays to control the acidity of medium // Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry. - 2022. - V. 424. - Art. 113650. https://doi.org/10.1016/j.jphotochem.2021.113650.
[26]     Makarov D.M., Fadeeva Y.A., Safonova E.A., Shmukler L.E. Predictive modeling of antibacterial activity of ionic liquids by machine learning methods // Computational Biology and Chemistry. - 2022. - V. 101. - Art. 107775. https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2022.107775.
[27]     Makarov D.M., Fadeeva Y.A., Shmukler L.E., Tetko I.V. Machine learning models for phase transition and decomposition temperature of ionic liquids // Journal of Molecular Liquids. - 2022. - V. 366. - Art. 120247. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120247.
[28]     Mamardashvili G.M., Kaigorodova E.Y., Lebedev I.S., Mamardashvili N.Z.  Axial complexes of Sn(IV)-tetra(4-sulfophenyl)porphyrin with azorubine in aqueous media: Fluorescent probes of local viscosity and pH indicators // Journal of Molecular Liquids. - 2022. - V. 366. - Art. 120277. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120277.
[29]     Ran J., Pryazhnikova V.G., Telegin F.Y. Chemoinformatics Analysis of the Colour Fastness Properties of Acid and Direct Dyes in Textile Coloration // Colorants. - 2022. - V. 1. - P. 280–297. https://doi.org/10.3390/colorants1030017.
[30]   Rusanov A.I., Dmitrieva O.A., Mamardashvili N.Z., Tetko I.V. More Is Not Always Better: Local Models Provide Accurate Predictions of Spectral Properties of Porphyrins // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - V. 23. - P. 1201. https://doi.org/10.3390/ijms23031201.
[31]   Rusanov A., Chizhova N., Mamardashvili N. Synthesis, Structure, and Spectral-Luminescent Properties of Peripherally Fluorinated Mg(II) and Zn(II) Octaphenyltetraazaporphyrins // Molecules. - 2022. - V. 27. - P. 8619. https://doi.org/10.3390/molecules27238619.
[32]   Zhabanov Y.A., Giricheva N.I., Islyaikin M.K. Structural Particularities of Monodeprotonated Hemihexaphyrazine Complexes with Y, La, and Lu according to Quantum Chemical Calculations // Russ. J. Inorg. Chem. - 2022. - V. 67. - P. 350–361. https://doi.org/10.1134/S0036023622030172.
[33]     Zvezdina S.V., Chizhova N.V., Mamardashvili N.Z., Koifman O.I. Effect of halogenation of ortho-positions of tetraphenylporphyrin and its Cd(II) complex on their complexing ability towards d-metal salts in dimethylformamide // MHC. - 2022. - V. 15. - P. 101–108. https://doi.org/10.6060/mhc224315m.
[34]     Makarov D.M., Fadeeva Y.A., Shmukler L.E., Tetko I.V. Beware of proper validation of models for ionic Liquids! // Journal of Molecular Liquids. - 2021. - V. 344. - Art. 117722. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.117722.
[35]     Mamardashvili G., Mamardashvili N., Koifman O. Macrocyclic Receptors for Identification and Selective Binding of Substrates of Different Nature // Molecules. - 2021. - V. 26. - P. 5292. https://doi.org/10.3390/molecules26175292.